动画片《妹妹公主》剧情梗概：大结局
男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想着胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了？于是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－PrOmised Island......
航本来万分不愿意，但因毫无选择，只好出发，到了岛上，发现处处透着古怪，除了不断看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身边出现外，最骇人听闻的是，十二位美丽可爱的女孩，先后出现，还自认是航的妹妹！就是这样，航就在这岛上，和十二个不同性格的“妹妹”住在一起，揭开他人生中最华丽的一页......
同时，另一位叫真深的女孩，冒认是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住，藉以监察航的一举一动，她更时常和一神秘人作电邮通信，他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。
动画片《妹妹公主》分集剧情介绍：
《妹妹公主》分集介绍：第1集 我的毕业典礼
酷酷的海神航是胜利补习班第一名的资优生，但因为一时糊涂导致高中落榜。当他还在懊恼不已时却突然莫名其妙被送进位在希望之岛的星见丘西学园。来到岛上的第一天，他在不同的地方遇见了四个不同的女孩，最令他惊觃的是她们居然自称是……
《妹妹公主》分集介绍：第2集 我最喜欢哥哥了
海神航莫名其妙被送到希望之岛来，进入了星见丘西学园就读。正当他还感到不知所措时，居然接连又出现八个个性各不相同的女孩，而且全都叫他哥哥，再加上阴错阳差被发现的真深，海神航居然在一夕之间成了十三个女孩的哥哥……
《妹妹公主》分集介绍：第3集 和哥哥在一起
学校终於要开始上课了，海神航本来想说到学校就能一个人清静清静，没想到那十几个妹妹老是跟在他身边，让他觉得没有属於自己的时间，於是他决定要离开希望之岛。然而在可怜道出妹妹们的心情后，小航决定……
《妹妹公主》分集介绍：第4集 熊熊在哪里
正当海神航又起了离开的念头时，花穗突然跑来告诉他雏子失踪的消息。原来雏子是去找她梦中见到的熊娃娃，小航找到雏子之后，陪著她到处寻找她要的熊娃娃。虽然一直找不到，但是雏子的一番话却让他……
《妹妹公主》分集介绍：第5集 老哥和MAIL
看到小航老是坐在电脑前和MAIL朋友聊天，於是在铃凛的协助下，每个妹妹都拥有了一台发MAIL专用的电话。然而一窝蜂涌到的MAIL却让小航气坏了，不过在可怜的提醒下，看完每封MAIL的小航终於明白了妹妹们的心情……
《妹妹公主》分集介绍：第6集 哥哥是白马王子
为了满足小航的好奇心，妹妹们决定参加才艺大赛。山田自告奋勇当他们的编剧兼导演，没想到演出时出了大纰漏，使得小航从捡场变成了王子，大家也只能够即兴演出。太紧张的小航差点演不下去……
《妹妹公主》分集介绍：第7集 恋爱的季节
纯白床单让所有的妹妹们联想到美丽的结婚礼服，於是她们决定跟哥哥玩一场新郎新娘的游戏。但是在游戏当中开耶似乎心事重重，小航隐约感觉到她的欲言又止，但是妹妹们的纯真又让他忘了一切……
《妹妹公主》分集介绍：第8集 总有一天(九度网剧情频道 / 电视节目表)
身体一直很不好的鞠绘，在梅雨季难得放晴的这一天，与哥哥一道出门。第一次和哥哥独处的鞠绘开心跑来跑去，然而突然其来的大雨却让她病倒了。十分担心的小航想到鞠绘的梦想：在大雨中与米卡艾一同寻找贝壳……
《妹妹公主》分集介绍：第9集 夏天来到了
刺眼的阳光、酷热的温度，夏天终於来了。小航的妹妹们在夏天阳光的气氛下更显得活泼可爱，她们准备流水凉面宴席，起哄要买新的游泳衣。然而小航似乎心事重重，当他看到小卫漂亮的泳姿时，他突然……
《妹妹公主》分集介绍：第10集 加油啊！哥哥
欢迎屋的游泳池清洗之后，成了小航妹妹们最喜欢的地方。然而小航根本不会游泳，他告诉小卫这个秘密，两人的秘密游泳训练课就开始了。可是一直没有进步的小航想要放弃，就在千钧一发之际他居然……
《妹妹公主》分集介绍：第11集 与哥哥的神秘之旅
愉快的暑假令人心情一级棒！铃凛制造了一艘潜水艇带大家出海旅行，一头雾水的小航就这样跟妹妹们踏上了不知目的地的旅程。但是正当大家玩的开心时，突然暴风雨来袭，而船也失去了控制……
《妹妹公主》分集介绍：第12集 假期充满了爱
小航和妹妹们搭船出游，突然遇到暴风雨发生了船难，来到了一座岛，并发现一栋无论吃的用的都一应俱全的无人别墅。小航一直担心要如何求救，但是妹妹们似乎都不太在意接下来会发生什麼事，开心的度起假来了。原来这个岛是……
《妹妹公主》分集介绍：第13集 与哥哥共度的夏天
小航对这一年的夏天是特别的。他回想著与每个妹妹相遇的过程、每个妹妹不同的个性，发现从一开始的排斥，到现在他的生活早已被深深影响了，他开始思考能为妹妹们做些什麼……
《妹妹公主》分集介绍：第14集 真正的心意
小航一心想回报妹妹对他的心意，於是询问妹妹们希望他能帮大家做什麼事，可是每个妹妹的心愿都是如此的平凡，於是小航以为是她们都不指望他的帮忙，然而在与可怜上街买灯泡的过程中，经可怜的提醒，小航才发现……
《妹妹公主》分集介绍：第15集 亚里亚的蝴蝶结
海神航送给亚里亚的蝴蝶结被风吹跑了，惹得亚里亚到处寻找蝴蝶结的下落。在途中遇到一位由大树化身成的老绅士陪著她寻找，难过的亚里亚会找到哥哥送给她的礼物吗？……
《妹妹公主》分集介绍：第16集 花穗加油喔！
眼看著运动会就要到了，大家都决定了自己要参加什麼项目，只有海神航迟迟没有决定。看到花穗为了替自己加油，毅然决然的加入啦啦阓，也让他燃起了一股斗志……
《妹妹公主》分集介绍：第17集 春歌的针灸
就在海神航答应陪春歌一起去跳舞之后，不小心把脚给扭伤了，妹妹们对他这个哥哥照顾得无微不至，春歌甚至对哥哥施以针灸医治他的脚。为了弥补春歌，他决定送她一个令她惊喜的礼物……
《妹妹公主》分集介绍：第18集 永远的誓言
小航恍惚中掉入了谜一般的梦境，在梦里只有他和千影两个人，但是有点怪怪的千影，不断地诉说希望能和小航共筑两人世界的愿望，但是小航心系著其他的妹妹们，一心只想回到平常的生活，有这样想法的他能回到现实中吗？
《妹妹公主》分集介绍：第19集 这是爱心便当喔！
擅长作菜的白雪，每天都兴致勃勃的为大家准备便当，尤其是看到哥哥满足的笑容是她最高兴的事。然而在山田的建议下，白雪开始主张心灵的_I养，她的表达方式竟然……
《妹妹公主》分集介绍：第20集 CHRISTMAS LOVE DESTINY
又到了一年一度的圣诞节，这也是小航第一次和妹妹们共度的圣诞节，妹妹们每个都很开心并神秘地准备著送给小航的礼物，而小航也努力思索送大家什麼东西。圣诞夜终於到了，原来妹妹们送给小航的神秘礼物是……
《妹妹公主》分集介绍：第21集 给哥哥的ME TWO
最近的铃凛似乎有点不太对劲，原来她正绞尽脑汁努力制作机器铃凛，尽管她费尽心思、夜以继日的投入，可是总是无法完成令人满意的成品。非常沮丧的铃凛，她制造机器铃凛的用意是……。
《妹妹公主》分集介绍：第22集 哥哥，彻底探索喔！
不知道为什麼大家都有东西不见了，更严重的居然是哥哥送给大家的圣诞节礼物「音乐盒」也失踪了。原来是四叶偷偷将坏掉的音乐盒拿去送修，而为了不让大家知道这件事，就扮起美少女怪盗故弄玄虚……。
《妹妹公主》分集介绍：第23集 第一位来访的客人
小航的好朋友_N绪要到希望之岛来看他，小航和妹妹们兴致勃勃的准备迎接这位客人。然而真深却显得有些坐立不安，这跟对真深发出追查指令的神秘人物有什麼关系呢？而随著_N绪到访，也将曝光惊人的消息……。
《妹妹公主》分集介绍：第24集 分离的预感(九度网剧情频道 / 电视节目表)
小航一直为了该不该去东京的事情正犹豫著，在_N绪的怂恿之下，小航终於下定决心，趁著妹妹们在放假日去远足的时候搭船离开。除了开耶、可怜、千影和真深知情之外，其他人都被蒙在鼓里，也因此更不能接受小航离开的事实……
《妹妹公主》分集介绍：第25集 好想好想你！哥哥
自从小航回到东京之后，便用极大的力气来适应东京枯燥的生活，而妹妹们在岛上也无法适应哥哥不在的日子，大家的生活都少了一股动力。真深於是提起勇气到东京来找小航，谁知却从小航口中得到一句冷酷的拒绝……
《妹妹公主》分集介绍：第26集 希望之岛
小航终於顺著自己的心意回到了小岛与众妹妹团聚，妹妹们在哥哥回来之后，又找到了生命的活力，大家再度露出了笑脸。而真深与哥哥_N绪也为了体会人生真正的意义转学到这个小岛上……