人类的脑机能发生变异，从而能够认识到幽灵和怪物的存在并称之为“怪灵”，为了对抗这样的怪灵，霍塞亚学院设置了“脑机能异常对策室”，所属其中E队的一条晴彦和川神舞的捉灵成绩最差。眼看报酬又泡汤了，一条晴彦和川神舞找到了新的队员，名为和泉玲奈的怪灵吞噬者。
晴彦和糸在探索阿赖耶识研究所时却发现了一个记录了恐怖的资料的仪器，打开后的内容是：世界是被一个特殊的存在重新塑造的，以及一系列的研究资料与信息。
随后，与川神舞相貌神似的人形怪灵“一条瑠波”出现，轻而易举击败了一条晴彦与三位女主。再探阿赖耶识研究所时，一只会说话的猫称自己是名为“ART”的特殊异能生物并进一步诉说真相。随后，瑠波开始将一条晴彦身边的人的存在概念一个一个抹除。（彻底消失，由曾经存在的概念变为不曾存在过）
最终在身边的人几近消失殆尽只剩晴彦一人的时候，老师找到并告知晴彦事实的确如晴彦和糸看到的那份资料一样。
“十六年前，阿赖耶识研究所自认为发现了世界的真相并开始展开一系列研究，其中包括异能生命体“ART”，以及人造怪灵。而晴彦正是“ART”的最成功案例。而“一条晴彦”真正的能力是创造与毁灭而不是召唤与封印。