上古时期,神农氏的妻子姬轩辕和女娲,伏羲姐妹一起封印了蚩尤巨兽, 代价是女娲,伏羲姐妹献祭生命封印了蚩尤的2个能量泉, 姬轩辕则用轩辕剑封印了蚩尤的主心脏,自己也迷失在蚩尤巨兽体内无法离开,然后分化成2个人格一个是正常的姬轩辕的灵魂,另一个黑化成黑轩辕(实体),两个人格互相独立. 琪亚娜,芽衣,姬子三人前往藏有轩辕剑的海底洞窟探索,经过对抗被轩辕剑控制的姬子之后遇到了姬轩辕的灵魂也得到了轩辕剑,但是拖着姬子离开之际在出口被逆商的杏偷袭以芽衣的性命交换了轩辕剑. 然后拔除了封印物的蚩尤巨兽理所当然的复活了把天命3人和逆商所有人马吞入肚中之后火速冲向神州大陆企图复仇.蚩尤篇说的就是被吞下肚之后天命3人和逆商人马联手对抗蚩尤巨兽以免神州大陆遭殃的剧情.(中有布洛妮娅和杏的PY交易) 最后在蚩尤巨兽的主心脏看到的是黑化的黑轩辕(皮皮虾摩托骑乘!),战胜黑轩辕之后正常姬轩辕的灵魂回归实体,终于得以升天和神农团聚. 就神器的分配来说在(误)毁掉两个能量泉之后逆商发现卧槽已经可以走了就带着轩辕剑离开了, 天命则是捡到了从伏羲能量泉里掉出来的伏羲魂钢,最后得到了伏羲之书.