镰仓幕府（1185年—1333年），是日本幕府政权的开始，其建立者是武将源赖朝。镰仓幕府的建立标志着日本由中央贵族掌握实际统治权的时代结束了，在贵族时代地位很低的武士登上了历史舞台，他们鄙视平安朝贵族萎靡的生活，崇尚以“忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍”为核心的思想，结合儒学、佛教禅宗、神道，形成武士的精神支柱“武士道”。13世纪元军侵日战争客观上使幕府进一步加强了对日本的统治。镰仓幕府的建立标志着日本天皇成为傀儡，幕府成为实际的政治中心。1318年，后醍醐天皇即位，决心恢复皇室权威，废黜院政，开始亲政。正中元年（1324年），后醍醐天皇密谋倒幕，但计划被幕府得知，主要大臣遭到流放，第一次倒幕运动失败，史称“正中之变”。1331年，后醍醐天皇再次密谋倒幕，倒幕军被幕府军打败，史称“元弘之乱”，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕运动失败。元弘之乱后，近畿、东国为首的各地武士和农民的倒幕运动此起彼伏。1333年，各地豪族都开始倒幕，幕府派足利高氏前去平乱，足利高氏早已不满北条氏专制政权，途中倒戈，攻下了镰仓，最后一代执权北条高时自杀，镰仓幕府灭亡。江户幕府（1603年3月24日-1868年4月21日），又称德川幕府。是日本历史上最后一个武家统治幕府。1603年德川家康在江户（今东京）开设幕府，至1868年江户开城，江户幕府共经十五代征夷大将军，历时265年。18世纪上半期，资本主义的萌芽产生，新的生产方式的出现，从根本上动摇了幕府统治基础。 1868年德川幕府彻底垮台。在此之后，日本基本结束了将军及幕府统治的时代。